בציפורים כועסות ריו, רד, הכחולים וצ'אק נחטפו ונלקחו לריו דה ז'נרו על ידי המבריחים בפקודתו של קקדו מרושע בשם נייג'ל, האנטגוניסט הראשי מהסרט. בדיוק כמו בציפורים כועסות המקורי, שחקנים משתמשים ברוגטקה כדי לשגר את הציפורים לעבר מבנים סמוכים, במטרה לפגוע במטרות הממוקמות עליהם או בתוכם. במקום החזירים שגנבו ביצים, שחקנים צריכים כעת לחלץ ציפורים אקזוטיות כלואות או להביס את קופי הזהב של נייג'ל, בהתאם לשלב שמשוחק. בגלל הסביבה של המשחק, מספר דמויות מריו מופיעות. בלו וג'ואל מוצגים שניהם כסוגי ציפורים בלעדיים למשחק הזה, יחד עם כל הציפורים הקיימות מהסדרה.
המשחק כולל גם את קרבות הבוס הראשונים שמופיעים בסדרה, שבהם השחקן משתמש בציפורים כדי להביס את נייג'ל, כמו גם את מאורו, מנהיג קופי הזהב. בשלבים אחרים, לואיז עוזר להביס את קופי הזהב ומשמיד חומרים וקוביות כדי לתת לשחקן נקודות נוספות, כמו גם פריטים נסתרים לאיסוף כשהשחקן מתקדם במשחק.